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    罹患乳腺癌的這位MIT教授,用NLP甄別患者胸前的“定時炸彈”

    本文作者: 奕欣 2017-02-20 17:29
    導語:從診斷到治療,從預防到檢測,Barzilay 想做的并不是顛覆現有的臨床研究,只是想利用機器學習幫助醫生和患者從中受益。

    罹患乳腺癌的這位MIT教授,用NLP甄別患者胸前的“定時炸彈”

    在 2014 年的時候, MIT CSAIL 教授 Regina Barzilay 依然帶領學生在 ACL、EMNLP 上發布了六篇論文,而且在接下來的幾年筆耕不輟,高產連連。

    你或許要問雷鋒網AI科技評論:為何用“依然”這個詞?

    因為在這一年,Barzilay 被診斷患有乳腺癌。

    Regina Barzilay 專注 NLP 領域,在 2005 年曾被評選為 MIT TR 35 之一。在患病之后,Brazilay 意識到好的數據非常寶貴。「你非常需要數據,非常需要信息。」Barzilay 表示,「我是否要采用這種藥物?這個治療方案對我來說是最好的選擇嗎?復發率會是多高?如果沒有可靠的數據支持,那么你的治療方案只能依賴全憑運氣的猜測。」

    興許是自己的切身體會讓 Barzilay 感觸良多,在鬼門關走過一遭后,Barzilay 在回到學校后就著手開展了機器學習應用于醫學領域的研究,并在 2016 年發布了《利用機器學習分析乳腺癌報告》的論文。

    從診斷到治療,從預防到檢測,Barzilay 想做的并不是顛覆現有的臨床研究,只是想利用機器學習幫助醫生和患者從中受益。醫生會通過病人的信息手工映射到結構化的數據上,并確定病癥的相關性。這種原始的方法可以與計算機科學聯系起來,并利用后者完成人類醫生一直在做的事情。

    但是,診斷中存在的延誤與失誤對科學進步而言實在是一大諷刺和阻礙。雷鋒網根據美國腫瘤協會提供的一項數據了解到,美國每年有 170 萬人診斷患有癌癥,但只有 3% 參加了臨床試驗。而目前的研究實踐數據只能完全依賴這 3% 的患者。因此,Barzilay 想做的,就是從剩下的 97% 患者中獲取更多的信息。

    Barzilay 獲得了和不少醫院名師的合作,比如麻省醫院(MGH)的乳腺放射科主任 Taghian Alphonse、MGH 的 Avon Comprehensive Barzilayreast Evaluation Center 的 Kevin Hughes、還有乳腺圖像處理部的 Constance Lehman 等。他們為 Barzilay 的研究提供寶貴的數據支持。

    而在 MIT Stata 中心,Barzilay 表示目前的項目資金其實足夠給前來工作的學生們支付酬勞,但就像 Barzilay 一樣,學生們都是本著一顆熱忱的心在無償勞動。「在 MIT 這么長時間,我從來沒有見過學生對研究抱著如此崇高的情懷,而且還自愿奉獻自己的時間。」

    Barzilay 主要通過 NLP 結合患者的診斷報告,對數據進行檢索、總結及文本的理解。通過 NLP 工具,Barzilay 與學生們從 10.8 萬份癌癥患者的報告中提取了相關的臨床信息,而所整理的數據集準確度達到 98%。

    她的工作核心是機器學習,或者說,讓計算機從數據中習得算法與事物間的內在聯系。就像亞馬遜、Netflix 那樣,系統能夠跟蹤并預測你的喜好,并將這些「小結論」綜合為大數據。

    下一步,Barzilay 準備將治療結果加進診斷報告中。在另一個研究中,Barzilay 開發了一個數據集,Hughes 團隊能夠利用這個數據集監控非典型疾病的發展,也就是說,醫生可以判斷哪些病人在未來有高風險罹患癌癥的可能性。

    機器在預測上有著天生的優勢——但 Barzilay 卻不滿足于此,她與電子工程及計算機科學學院的教授 Tommi Jaakkola 及學生 Tao Lei 嘗試揭開機器學習的黑箱,在文本數據方面提出了一種新的訓練神經網絡的方法,讓機器不僅可以提供預測與分類,還能為人類的決策提供理論的決策依據。這一研究目前已經嘗試應用于數千份乳腺活檢的病理報告,通過文本為病理學家提供診斷依據。

    此外,Barzilay 也在研究如何讓這些新工具更好地做出預測。乳腺的 X 光片信息量非常大,人類在短時間內很難全部看清,而與之不同的是,機器能夠觀察到最為細微的變化,而且在低像素的 X 光中,它的表現也同樣不俗。Barzilay 與 Lehman 和 Nicolas Locascio 進行合作,將深度學習用于分析乳腺 X 光片。

    他們的小目標是希望幫助放射科醫生分析一些常用的診斷指標,大目標則是希望能在 X 光片都看不出端倪時,能夠先給病人敲響警鐘,或判斷哪些病人的有復發的可能性。這實際上也就是「預測」了——在 X 光還沒有顯示問題時,機器就已經「看透」了一切。

    但要實現終極目標,則需要讓計算機應用于健康領域的各個方面。目前這一方向已經有了進展:Taghian 與研究生 Julian Straub 帶領六個本科生目前開發了一個采用機器學習檢測淋巴瘤的設備。這種疾病早期癥狀非常隱蔽,如果沒有及時發現,后果將不堪設想。不過由于造價昂貴,相關的檢測設備在美國非常稀缺。學生們正在嘗試開發出造價更加便宜的版本,并希望數月內能在 MGH 里進行測試。

    Barzilay 對于目前機器學習做出的貢獻感到非常欣慰,她認為這在未來將會對醫療領域產生巨大變革,「現在依然任重道遠,我們的征程才剛剛開始。」雷鋒網也將持續關注研究的后續進展。

    罹患乳腺癌的這位MIT教授,用NLP甄別患者胸前的“定時炸彈”

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